由于农业是弱势产业，农村是地域宽广的地区，农民又是散松的个体，随着农业产业化的不断推进，农产品食品安全体系的不断构建，农产品收购环节税收征管工作值得重视。
按照《增值税暂行条例》及《实施细则》的相关规定，对农民以及从事农业生产的单位和个人销售的自产农产品免征增值税，外购农产品销售则属于征税范围，并对农产品购销企业(一般纳税人)购进免税农产品实行按13%的税率准予抵扣进项税额的政策，这一政策对促进农副产品购销起了一定的促进作用。
但目前，农副产品收购发票上存在漏洞。农副产品收购发票主要由收购企业自行开具使用，在开具数量、价格上是否真实?有无跨地区使用?有无虚开代开现象?有无不直接向农民收购而开具发票的现象等等，这些情况都给税收执法留下了隐患。有的企业自行收购，将运费、包装费，甚至招待费加入，虚抬价格、虚加数量、虚增成本，以多抵扣增值税，少缴纳企业所得税，多获取出口退税等，给国家税收造成损失。
对销售人销售的农产品是否属自产产品无法界定。农产品生产方式仍然多是一家一户，户均产量较小，但在销售方面形成了由运销大户集中调运的销售方式。而这种集中调运，从形式上看已超出了自产自销的范畴，但实际上还是属于自产自销的一种方式。由于税务机关对收购企业收购的免税农产品是否确系销售人自产自销，目前尚无行之有效的界定方法，造成一些投机商贩利用税收政策漏洞偷逃国家税收。
对小规模纳税人收购农产品管理不规范。收购农产品的业户大多是从农民中产生出来的运销大户、经纪人，亦农亦商，加之运销交易无需发票凭证，故而征管依据不充分，也不易界定。按国税部门规定，农民销售水产品、畜牧产品、蔬菜、果品、粮食和其他农产品，月销售额不到5000元或每次日销售不到200元的不缴纳增值税。反之一些经纪人达到此标准的应征收增值税，征收的管理方式目前一般多采用核征。由于核定定额受多种因素影响，定额不准确，造成小规模纳税人之间税负不公平，直接影响到农副产品的价格和销售，影响到农民的收入，影响刚刚成长的农民经纪人队伍发展壮大。
