虽然现在对生猪的卫生标准有严格的控制，也在大力倡导养猪场进行无公害养猪，但是，从目前的情况来看，无公害生猪成产中存在许多严重的问题，具体主要表现在以下几个方面。
1、普通的环境污染：
① 硬件设施简陋：
猪场选址、猪舍建筑、排污处理、通风保暖等硬件设施不科学，无粪尿处理设施或处理不当，造成猪场内外生态环境的破坏。
② 营养技术简单：
普遍存在“低能高蛋白”日粮、超量添加无机矿物质等，不仅造成浪费，更大量排泄出有毒、有害物质造成环境污染。
2、弧立的药物治疗与疫苗免疫：
由于规模化猪场是集约化生产，高密度饲养、多因素应激，结果是大量的抗生素、磺胺药的添加预防与治疗，导致猪肉药残严重超标。
3、遣禁药品、化学合成物质的泛滥添加：
如非法使用盐酸克伦特罗、莱克多巴胺、镇静安眠药、麻醉药、镇痛药、中枢兴奋药、骨骼肌松弛药等，已出现多起中毒事件。
4、饲料、饮水中有毒有害成分超标：
饲料原材料中含As、Pb、Hg、F、Cd等重金属和沙门氏菌大肠杆菌等微生物浓度超标。
