免疫接种必然要涉及疫苗的选择及免疫程序的制定。目前所使用的猪疫苗有弱毒活苗、灭活苗、亚单位苗和基因工程苗，在生产中使用较多的是弱毒活苗和灭活苗，两者各有优缺点。要根据不同的情况选用疫苗，总的原则是选用安全性好、免疫期长的疫苗。
1、弱毒疫苗：通过人为的方法将强毒致弱，使其毒力降低，但仍保持免疫原性，作为疫苗毒株，用于猪群的免疫。弱毒苗用量少，产生免疫力快，成本低而价廉。有些弱毒活苗可刺激机体产生干扰素，抵抗其他野毒的感染，但存在生物安全性差的潜在缺点。
2、灭活疫苗：用化学灭火剂如福尔马林、烷化剂等常用灭活剂将病原微生物温和的杀死，但仍能保持其免疫原性。灭活疫苗产生免疫力慢，但有持久、安全等优点。灭火苗安全无毒，但免疫剂量大，产生免疫效果的速度不如弱毒疫苗快。根据在制备灭活苗过程中是否使用佐剂及其佐剂的类型可将灭活苗分为氢氧化铝灭火苗、油乳剂灭活苗等。
1）氢氧化铝灭活苗：用氢氧化铝作为佐剂，如猪丹毒氢氧化铝灭活苗、猪肺疫氢氧化铝灭活苗等
2）油乳剂灭活苗：采用矿山油作为佐剂与抗原乳化而成。如细小病毒灭活苗，口蹄疫灭活苗等。
3）组织灭活苗：采用病猪的组织（病原微生物含量最多的组织），捣碎后加入灭火剂彻底灭活后，加入佐剂经检验合格的疫苗。这种灭活苗制备较为简便，周期短，可用于发生原因不明或血清型较多或亚型、变异株所致的烈性、急性传染病的紧急预防。
目前几乎每一种疫病都有两种或两种以上的疫苗可供选择，例如猪瘟有组织苗和细胞苗之分，我国生产的口蹄疫苗和浓缩苗两种，后者较前者的免疫力有较大提高；伪狂犬病也有弱毒活苗和灭活苗两种。
