全进全出生产制度已经是全球广泛接受的一种生产制度，其在控制疾病、维持猪群健康方面得到广泛认可。但是就像所有的公理都有适用范围的一样，全进全出由于在操作性和经济性方面的一些弊端，导致它也并不适合所有猪场。近日英国养猪顾问“Zoe Kay”近日在Pig International上面发表文章总结了全进全出制度的一些弊端，以下为其观点。
外界病源的不慎引入会对猪场效益造成重大打击，尤其是在猪流行性腹泻(PED)、非洲猪瘟、或其它高流行性疾病高发期，而全进全出制度对传染性疾病可以起到很好的控制作用。
但是这种全进全出制度并不是对每一个猪场都适合。全进全出实际上是把大批的猪集中在一起，好比把所有的鸡蛋放在了一个篮子里，无论是风险角度还是经济收益角度，都不见得是最好的。并且在小型猪场由于母猪数量少，全进全出的实际可行性很差。
总结起来，全进全出有以下弊端：
1.可操作性：
对于大型猪场，由于拥有大数量的各种年龄阶段的猪，易于实行全进全出制度，也易于员工的分配。但小型猪场由于无法保证各种生产状况同步，劳动力的分配变化性大，如出现产房高峰期。
全进全出制度对室外养猪体系也是一种挑战。为保证猪统一行动，室外养猪体系得设置双向电栅栏或其它通道，来避免猪往相反方向行动。且由于不能保证对饲养场地的充分消毒，疾病的传播也是室外养猪必需要考虑的一种风险。
2. 经济性：
全进全出制度对猪舍数量的要求提高，需要投入更多的土地及资金。同时由于猪舍存在空档期，生产者会认为自己的场地没有得到充分利用。利用分区饲养法来代替建立独立的猪舍是一种可行的操作方法，但这并不是简单的分割土地那么简单，因为空气的流通会导致疾病的传播。
