利用沼气池发酵最怕的就是漏水和漏气，漏水会降低发酵的效果，造成环境污染；漏气则有可能发生火灾（沼气也就是甲烷，易燃）。所以，在利用沼气池处理禽畜粪水时一定要注意几点问题。
1、要有充足的接种物。好后，在新池装料前，要收集老沼气池里的沼渣与沼液、粪坑的底脚黑色沉渣、塘泥、城镇污水沟的污泥，以及食品厂、酒厂、屠宰场的污水、污泥，其中都含有丰富的沼气细菌，是良好的接种物。收集以上某一种接种物的数量，要达到发酵原料的10%-30%。把接种物和发酵原料均匀混合，一同加入池内，并及时加水封池。加入沼气池的水可依次选用沼气发酵液、生活废水、河水或塘水等，也可使用井水，但尽量不用自来水。不能使用含有毒性物质的工业废水。
2、适宜的温度。在10-60°C的范围内，沼气池能正常发酵产气，在这一温度范围内，温度愈高，产气量愈高。所以，沼气池启动最好在4-10月期间进行。
3、适宜的酸碱度（pH值）。沼气微生物的生长、繁殖，要求发酵原料的酸碱度保持中性或微偏碱性（即pH值6、5-7、5），过酸、过碱都会影响产气。
4、适当的负荷。农村沼气池的负荷通常用发酵原料浓度来表示，适宜的干物质浓度为6%-12%。浓度过高，发酵原料不易分解，并容易积累大量酸性物质，影响正常产气。浓度过低，单位容积里有机物含量相对减少。沼气池要低负荷（6%以下的浓度）启动，等产气正常后，再逐步加大负荷，直到设计的确定运行负荷。
5、添加水的控制。沼气池启动时，加入池内的水量较大，大约占沼气有效容积的5/8。因此，启动水温对沼气池能否顺利启动影响很大。一般启动水温应控制在20°C以上。如果在秋冬季节启动沼气池，加入池内的启动水温一般应控制在35°C以上。
6、封盖。密封活动盖的胶泥用石灰胶泥，不能太硬，也不能太软，要能填充活动盖和天窗口之间的缝隙。活动盖上的蓄水圈要经常加水，以防密封胶泥干裂，出现漏气。
