畜禽粪便也是一种传染源，因为粪便中含有一些寄生虫虫卵和病原微生物，尤其是一些患有传染病的畜禽粪便。所以，畜禽粪便不能直接用于农田、水塘施肥，否则会造成疾病的传播。只有经过无害化处理的畜禽粪便方可成为农用肥料。那么，怎么对畜禽粪便进行消毒处理呢？

畜禽粪便常见的处理方法有掩埋法、焚烧法、化学消毒法及生物热消毒法（包括发酵法、堆肥法）。

一、掩埋法

掩埋法是一种传统的粪便处理方法，也是一个比较简单的方法。它就是将粪便与漂白粉或新鲜的生石灰混合，然后深埋于地下，一般埋的深度在2米左右。

优点：简单易行。

缺点：地下水可能会被污染病，且降低了粪便的肥力。

二、焚烧法

此法是消灭一切病原微生物最有效的方法，但大量焚烧粪便显然是不经济合理的。所以，此法的使用受限，一般只用于处理一下患烈性传染病畜禽的粪便。

具体做法：在地上挖一个坑，深75厘米，宽75-100厘米，在距坑底40-50厘米处加一层铁炉底（炉底孔密些比较好，否则粪便易漏下）。在坑内放置木材等燃料，在炉底上放置欲消毒的粪便。如果粪便太潮湿，可混合一些干草，以利燃烧。

优点：消毒杀菌彻底。

缺点：费燃料，不经济，费时间。

三、化学消毒法

化学消毒就是用一些化学消毒试剂对畜禽粪便进行消毒处理。适用于粪便消毒的化学消毒剂有10%-20%漂白粉液、0.5%-1%的过氧乙酸、5%-10%硫酸苯酚合剂、20%石灰乳等。使用时应细心搅拌，使消毒剂浸透混匀。由于粪便中的有机物含量较高，不宜使用凝固蛋白质性能强的消毒剂，以免影响消毒效果。

缺点：操作麻烦，不能彻底消毒，故实际工作中不常用。

四、生物热消毒法

生物热消毒法是粪便消毒最常用的消毒方法。应用这种方法既能杀灭粪便中非芽孢性病原微生物和寄生虫卵，又不失去粪便作为肥料的应用价值。

1、发酵池法

此法适用于饲养大量畜禽的场所，多用于稀释粪便（牛、猪粪）的发酵。在距离饲养场所200-250米以外无居民、河流、水井的地方挖筑2个或2个以上的发酵池（池的大小、数量视处理粪便的多少，可以是圆形，也可以是方形）。池的边缘与底部用砖砌后并用水泥抹上，使其不透水。如土质干固，地下水位又较低时，亦可不必用砖和水泥。

使用时先在池底倒一层干粪，然后将每天清除的粪便垫草倒入池内。快满时，在粪表面铺一层干粪或杂草，上面盖一层泥土封好，或用木盖将其盖好。经1-3个月即可出粪作肥料。

2、堆肥法

适用于干固粪便（马、鸡、羊粪等）的处理。在距人、畜的房舍、水池和水井100-200米，且无斜坡通任何水池的地方进行。挖一宽1.5-2.5米、两侧深度各20厘米的坑，由坑底两侧至中央有不大的倾斜度，长度视粪便量的多少而定。先将非传染性的粪便或干草堆至25厘米厚，其上堆放欲消毒的粪便、垫草等，高达1-1.5米。然后在粪堆外面再堆上10厘米厚的非传染性粪便或谷草，并抹上10厘米厚的泥土。如此密封发酵2-4个月，即可用作肥料。

采用堆肥法应注意以下几点：堆料内不能只堆放粪便，还应堆放垫料，稻草等有机质丰富的材料，以保证微生物活动所需营养；堆料应疏松，以保证微生物活动所需氧气；堆料应有一定湿度，含水量以50%-70%为宜；保证足够的堆肥时间，一般夏季1个月左右，冬季3-4个月。

 此外，还可把生物热发酵与生产沼气结合起来，处理粪便，这样既达到了粪便消毒的目的，又可充分利用生物热能。