可是，同其它大多数饲料原料一样，大豆也有缺陷。大豆的主要问题在于它含有大量抗营养因子。这会降低消化率，最终影响动物的生长和生产效率以及养殖者的收益。即使用大豆饲喂成年猪，有时也会影响消化率，除非经过充分的热处理，否则，大豆中的这些抗营养因子很难清除。但蒸煮过度又会导致有益蛋白变性，从而违背了蒸煮的首要目的。因此，我们需要优化加工条件，在维持蛋白品质和降低抗营养因子两者之间建立平衡关系。
这些抗营养因子主要影响仔猪，尤其是断奶前后的仔猪。那些原本有益的大豆蛋白会引起仔猪的过敏反应，激活仔猪肠道免疫系统，造成机体被病原微生物入侵的假象，从而导致ASIT(变应原特异性免疫治疗)现象的发生。这一负面反应会引起炎症和腹泻，而炎症通常会破坏肠道内层，为病原菌的粘附和外毒素的吸收提供便利。尽管在免疫系统停止反应之前，上述整个过程不会超一个星期，但造成的损害则是长期的、多方面的。在通常情况下，都会有病原菌的感染伴随。
业界对大豆使用的两种观点
为了解决这一问题，业界提出两种观点，一种提倡在断奶后立即引入大豆蛋白(假设仔猪在断奶前没有或很少接触教槽料)。尽管人们建议断奶后应当循序渐进地引入大豆蛋白，但这种观点要求豆粕在断奶后第一份日粮中的使用量达10%左右，在第二份日粮中要迅速增至15%，其余依次类推。这种方法需要仔猪具有较高水平的采食量，以确保影响降至最低。当采食量低于维持需要时，大豆蛋白的负面影响则会有加重趋势。
这种方案的优点在于：1)配方成本低;2)仔猪适应大豆蛋白快;3)日粮变化次数少。相比之下，缺点在于腹泻率高，尤其是在健康状态并不理想(全球许多地区都存在这种情况)的猪场内。
针对同样的问题，另一个更为温和的方法，是在断奶后的第一份日粮中不使用任何大豆产品，在第二份日粮中以炼制品的形式使用少量大豆蛋白(如几乎不含抗营养因子的大豆分离蛋白)。同第一种方法相似，这种方法的关键点也是逐渐适应。不过，两者的主要区别在于第二种方法将断奶应激与大豆蛋白问题分开看待。通常，这两个问题被视为一体;但不管它们之间关系多么密切，它们都明显不同。第二种方法适用于那些存在健康问题的养殖场，但这样的日粮价格昂贵，令人难以承受。因此，从市场角度看，这种方法并不理想。
